Церковь Нидеггкирхе находится на самой восточной оконечности полуострова, в излучине реки Аре. На этом месте основатель города, герцог Церингенский Бертольд V в 1191 году построил небольшой замок Нидегг с двумя крепостными башнями.
После смерти Бертольда V его род пресекся, и Берн был объявлен имперским городом. Жители посчитали не нужным наличие в городе герцогской резиденции и разрушили ее в 1270 году. Небольшая церковь Святой Марии Магдалины была построена в 1341 году на фундаменте замка. Там, где сейчас возвышается шпиль церкви находилась высокая башня донжон герцогского замка, однако колокольня церкви была построена только в 1480 году, когда церковь Нидеггкирхе расширяли.
В 1493 году был построен еще один неф церкви, и в целом здание приобрело готические черты, которые сохранились до наших дней. В время Реформации 1529 года помещения церкви Нидеггкирхе начали использоваться как склад для зерна, бочек и древесины. Однако в 1566 году ее вновь вернули церкви, и сейчас здесь проводятся богослужения.
В 1857 году во дворе церкви был обустроен в камне источник Stettbrunnen. Он относится к самым древним из сохранившихся в Берне источников 14 века. В 1968 году во дворе Церкви Нидеггкирхе был установлен памятник основателю города герцогу Церингенскому Бертольду V.
