Храм Святого Онуфрия Великого является главным собором Анапы. Он основан в 1828 году, после завоевания турецкой крепости Анапа. Этот храм русские построили одним из первых на Кавказском побережье Черного моря.
В 18-19 веках Россия вела многочисленные войны с Турцией за выход к Черному морю. После включения Крыма в состав Российской Империи в 1783 году, турки в этом же году возвели достаточно мощную крепость Анапа. Наиболее укрепленные бастионы крепости находились на месте Музея Горгиппия. До наших дней от этой крепости сохранились только Русские Ворота, которые находятся в 50 метрах от Свято-Онуфриевского храма.
Русские войска штурмовали крепость Анапа 4 раза в период с 1791 по 1828 год. Крепость захватывали, разрушали, но после заключения очередного мирного договора эти земли опять отходили туркам, и они восстанавливали крепость. Последний штурм крепости Анапа состоялся 12 июня 1828 года, после которого Анапа и земли Таманского полуострова навсегда вошли в состав России.
12 июля является днем Святого Онуфрия, раннехристианского святого отшельника, который жил в 4 веке в Фиваидской пустыне Египта. По распоряжению царя Николая I в 1830 году начато строительство первой христианской церкви в Анапе. Ее построили в 1837 году и освятили в честь Святого Онуфрия. В советское время храм закрыли, а здание передали Краеведческому музею. Это спасло его от разрушения. В 1991 году Свято-Онуфриевский храм вновь вернули церкви.