Иоанновский ставропигиальный женский монастырь был основан Иоанном Кронштадтским в 1900 году. Он находится на Набережной реки Карповки около станции метро Петроградская. Ставропигиальный означает, что монастырь подчинен непосредственно Патриарху.
Этот монастырь является одним из самых известных мест паломничества в Петербурге, учитывая масштаб личности Иоанна Кронштадтского, не только для Петербурга, но и для всей России. Иоанн Кронштадтский является небесным покровителем Санкт-Петербурга, наряду с Александром Невским и Ксенией Блаженной.
Иоанн Кронштадтский родился в 1829 году в деревне Сура Архангельской губернии. Со временем он стал очень известным проповедником. Многие говорили, что слушали его проповеди «со слезами на глазах», а в церковной традиции его называют «великий молитвенник, прозорливец и чудотворец». Именно он принимал последние исповеди русских императоров Александра II и Александра III.
Иоанновский монастырь отец Иоанн Кронштадтский основал как место, где могли остановиться монахини Иоанно-Богословской женской общины из деревни Суры, откуда он был родом.
Главный храм монастыря построен в византийском стиле, и имеет 5 куполов. С западной стороны построена пятиярусная колокольня. В 1901 году на первом этаже еще строящегося храма была освящена церковь преподобного Иоанна Рыльского – святого покровителя отца Иоанна Кронштадтского, а в 1903-1908 году в подвальном этаже была создана небольшая церковь-усыпальница во имя Святого пророка Илии и царицы Феодоры (эти имена носили родители Иоанна).
Иоанн Кронштадтский умер 20 декабря 1908 года. На следующий день был освящен главный храм Иоанновского монастыря, а через день Отец Иоанн был похоронен в той самой гробнице в подвальном помещении, освященной в честь Илии и Феодоры. Русская православная церковь канонизировала Святого Праведного Иоанна Кронштадтского в 1990 году.