Возведение Базилики Святого Франциска началась сразу же после его канонизации в 1228 году. Глава Францисканского ордена подготовил проект гигантского монастырского комплекса Сакро Конвенто, который должен окружает Базилику. Монастырь Сакро Конвенто стал духовным центром ордена, хотя резиденция его главы находится в Риме.
После смерти Святой Франциск был похоронен в монастыре Святого Георгия, который сейчас называется Базилика Святой Клары. Согласно своему уставу, Францисканский орден не мог владеть имуществом или землями. Земля под строительство базилики была подарена Ватикану жителем Ассизи Симоном ди Пучарелло, а Папа Григорий IX лично заложил первый камень при начале строительства Базилики Святого Франциска.
Холм, на котором началось строительство Базилики Святого Франциска и монастыря Сакро Конвенто, назывался Холм Ада, так как здесь казнили преступников. Его сразу же переименовали в холм Рая, и глава францисканского ордена Илия ди Кортон подготовил масштабный проект. Стены монастыря спускаются вдоль холма и в чем-то напоминают арки римского акведука.
Илия ди Кортон имел большой опыт в возведении погребальных сооружений для крестоносцев на Святой Земле. В центре монастыря Сакро Конвенто находится Базилика Святого Франциска. Его тело похоронено в крипте Нижней Церкви. Она находится под землей. Над землей возвышается Верхняя церковь, строительство которой было завершено в 1253 году.
Базилика Святого Франциска окружена постройками монастыря Сакро Конвенто. Здесь находятся трапезная, дормиторий (кельи монахов), капелла и помещение для Папы Римского. В Средние века библиотека и скрипторий (мастерская по переписке книг) монастыря Сакро Конвенто была одной из крупнейших в Западной Европе, наряду с Авиньоном и Сорбонной.
К 15 веке помещения для Папы Римского были значительно расширены и Папы использовали Монастырь Сакро Конвенто, как свою летнюю резиденцию. В настоящее время Сакро Конвенто больше не является монастырем. С 1971 года в его помещениях находится Теологический университет.
