Спасо-Бородинский монастырь был основан Маргаритой Тучковой. Ее муж, генерал Тучков, был убит во время Бородинского сражения на флешах Багратиона. Она пыталась найти его тело, но смогла найти только его кольцо. На этом месте она основала монастырь и стала его настоятельницей.
В 1817 году Маргарита Тучкова получила разрешение от императора Александра I и 10 тысяч рублей на строительство церкви. После этого она купила три десятины земли на Средних Багратионовых флешах. В 1818 году она построила небольшую церковь Эдесской иконы Спасителя. Это была полковая икона Ревельского полка, которым командовал ее муж. Рядом с ним она построила небольшой дом.
В 1826 году, после смерти сына, она освободила своих крестьян и переехала в этот дом. Сюда стали приезжать вдовы, которые также потеряли своих мужей в Бородинской битве. В 1839 году здесь был открыт Спасо-Бородинский монастырь. На пожертвования Николая I здесь были построены новые храмы: церковь Филарета Милостивого (1839), колокольня (1840), собор Владимирской иконы Пресвятой Богородицы (1852).
Большой собор Владимирской иконы Пресвятой Богородицы был заложен за год до смерти игуменьи Маргариты Тучковой. Он построен в византийском стиле по проекту архитектора Быковского. Средства на строительство собора собирались по всей России, в основном среди солдат и офицеров российской армии.
Земляные валы Багратионовых флешей сохранились как внутри монастыря, так и за его стенами. Рядом со стеной Спасо-Бородинского монастыря находится военное кладбище, где похоронены тысячи солдат, погибших во время Бородинской битвы. Перед ним была построена небольшая часовня, где похоронена монахиня Спасо-Бородинского монастыря святая инокиня Рахиль.