Батарея капитана Зубкова расположена на горном склоне к северу от мыса Пенай, над Сухумским шоссе, которое ведет из Геленджика в Новороссийск. Таких батарей в 1941 году в окрестностях Новороссийска было построено несколько, но сохранилась только эта.
Строительство Батареи №394, которую впоследствии стали называть Батарея Зубкова, было начато в июле 1941 года. Спустя месяц на склоне горы было установлено 4 корабельных орудия калибром 100 мм. Также здесь были созданы укрепленные погреба для боезапаса, казармы для солдат и командный пункт. Командиром батареи был назначен капитан Андрей Эммануилович Зубков.
Ключевой задачей батареи являлась охрана Цемесской бухты. С места, где располагалась Батарея Зубкова, вход в Цемесскую бухту полностью простреливался, что исключало возможность входа немецких кораблей в порт Новороссийска. За время войны ни один немецкий корабль так сюда и не зашел. Однако, батарея активно работала и по наземным целям, когда в августе 1942 года начались жестокие бои за Новороссийск.
Подавление батареи Зубкова было важнейшей задачей для немецкой армии на этом направлении, поэтому ее постоянно бомбили с самолетов, а также обстреливали из дальнобойной артиллерии. На батарею было сброшено более 7000 авиационных бомб (вес некоторых достигал 1 тонну). Батарея Зубкова внесла существенный вклад в стабилизацию линии обороны в Восточном квартале Новороссийска в районе цементных заводов. Это не позволило немцам наступать вдоль берега Черного моря, предотвратило угрозу советским войскам со стороны Черного Моря во время Битвы за Кавказ в 1942 году.
Пешеходная тропа в Музее Батарея капитана Зубкова идет по склону гор. Ее длина составляет 1.7 километра. Здесь туристы могут увидеть корабельные орудия, дальномерный пост, погреб для хранения боезапаса. Есть здесь и зенитная пушка. Такими пушками защищались позиции батареи во время авианалётов.