Богоявленский женский монастырь является крупнейшим монастырем в Угличе. Он занимает целый квартал на Ростовской улице, в 500 метрах от Угличского Кремля. Над монастырем возвышаются купола нескольких храмов, которые видны из разных районов города.
Богоявленский монастырь основан в 1584 году Марией Нагой. Изначально монастырь находился внутри Угличского Кремля. В то время размеры самого Углича ограничивались территорией Кремля и располагавшегося вокруг него посада.
Мария Нагая была седьмой женой Ивана Грозного, но их брак не получил благословение церкви, так как церковь одобряла только три последовательно заключенных брака. Мария имела сына Дмитрия от Ивана Грозного.
После смерти Ивана Грозного и восшествия на престол Федора Ивановича, Марию Нагую и царевича Дмитрия отправили жить в Углич. Некоторые бояре ставили под сомнение права царевича Дмитрия на престолонаследие, так как брак не был освящен церковью. Но учитывая, что у Федора Ивановича не было наследников, Дмитрий стал единственным законным наследником.
В 1591 году царевич Дмитрий был убит. Однако, комиссия Василия Шуйского, прибывшего из Москвы, объявила, что «царевич убился сам». Более 200 жителей Углича были казнены за бунт, а Марию Нагую постригли в монахини Богоявленского монастыря. В 1609 году отряд поляков захватил Углич и сожгли многие деревянные постройки Кремля, включая Богоявленский монастырь.
В 1620 году Богоявленский монастырь Углича был восстановлен при участии монахини Марфы, матери Михаила Романова, который в 1613 году стал русским царем. Царь Михаил Романов приезжал в Углич на богомолье, чтобы посетить монастырь, восстановленный его матерью.
В 1661 году царь Алексей Михайлович перенес Богоявленский монастырь за стены Угличского Кремля, так как в Кремле монахини жили в очень стесненных условиях. На новом месте монастырю предоставили огромный участок земли. В строительстве первого каменного собора принимал участие Митрополит Иона, построивший себе резиденцию в Ростовском Кремле. Он же построил каменные церкви Воскресенского монастыря в Угличе.
До наших дней в Богоявленском монастыре сохранилось три больших храма: Церковь Смоленской иконы Божьей матери 1700 года, Церковь Федоровской иконы Божьей Матери 1805 года и Богоявленский собор. Огромный собор был построен в 1843 году, по проекту известного архитектора Константина Тона.