Церковь Иоанна предтечи в Керчи построена в 10 веке византийскими мастерами, причем фундамент и часть стен сохранились от христианской церкви 6 века. В Киеве и Новгороде, а также других городах Киевской Руси, до наших дней сохранились церкви 11 века. Таким образом, Церковь Иоанна Предтечи в Керчи можно назвать самым древним христианским храмом на территории России.
Археологи и историки спорят о точных датах строительства церкви, но в любом случае они древнее, чем Софийский собор в Киеве (1037 год) и Софийский собор в Новгороде (1045 год). Первый храм на месте Церкви Иоанна Предтечи был построен в 6 веке, во время правления Императора Юстиниана. Византийская империя тогда переживала свой расцвет. В это же время построен Собор Святой Софии в Константинополе.
От этой древней церкви сохранился фундамент, фрагменты внешних алтарных стен и колонны. Их сейчас можно видеть в Церкви Иоанна Предтечи. В 10 веке церковь была частично разрушена во время штурма города дружиной князя Мстислава Владимировича, но ее сразу начали восстанавливать.
Во время реконструкции 10 века византийские мастера в точности воссоздали архитектуру и интерьер древней церкви 6 века. Они сохранили и специальную кирпичную кладку из плинфы, которую использовали мастера 6 века. В 14 веке практически все побережье Черного моря от Керчи до Балаклавы перешло под власть генуэзцев. Они отреставрировали Церковь Иоанна Предтечи, но также сохранили изначальный облик древнего византийского храма.
Во время турецкого владычества Церковь Иоанна предтечи стала мечетью, что уберегло ее от разрушения. После вхождения Крыма в состав Российской Империи в 1783 году храм вновь стал православным. В 1834 году к нему пристроили новый придел, а в 1845 году построили колокольню. В это время храм Иоанна Предтечи приобрел тот вид, который мы видим сейчас.
