Дом Генерал-Губернатора расположен у подножия горы, на вершине которой возвышается Тобольский кремль. После большого пожара в 1788 году район Нижнего Посада начал застраиваться по регулярному плану, здесь стали появляться дома богатых горожан. Так в самом конце 18 века здесь был построен просторный двухэтажный дом купца первой гильдии Ивана Куклина.
После его банкротства в 1817 году здание перешло в казну, и здесь разместилась резиденция Тобольского губернатора. В период с 1833 по 1851 год в этот дом приходили многие декабристы, которые оформляли у губернатора документы на поселение в Тобольске, после окончания срока их ссылки. В 1837 году здесь останавливался наследник престола цесаревич Александр Николаевич, будущий император Александр II.
В 1917 году именно здесь была размещена царская семья Романовых и император Николай II, который отрекся от престола 2 марта 1917 года. Как известно, после этого власть перешла в руки временного правительства, а Николая с семьей отправили в Тобольск. 6 августа 1917 года царская семья прибыла в Тобольск на пароходе «Русь», а их слуги и приближенные (всего 45 человек) на пароходе Кормилец. По приезду выяснилось, что Дом Губернатора не готов для проживания царской семьи. Романовы прожили в каютах парохода неделю, гуляли по окрестностям и общались с местными жителями.
С 13 августа 1917 года они переехали в дом Губернатора и заняли 8 комнат из восемнадцати. Охрана проживала в расположенном по соседству доме Корнилова. Время, что царская семья прожила в Тобольске до апреля 1918 года, было достаточно спокойным. Охрана, приставленная к ним Временным правительством, относилась к царю с большим почтением. Романовы гуляли во дворе или принимали солнечные ванны на крыше в оранжерее, зимой чистили снег или пилили дрова, дети занимались уроками, французским языком, ставили спектакли. Бывший император Николай II работал в кабинете. Романовым разрешалось посещать Благовещенскую церковь, расположенную поблизости.
После захвата власти большевиками в октябре 1917 года ситуация существенным образом осложнилась. Советские органы власти начали формироваться в Тобольске в марте 1918 года, а в апреле 1918 года в город прибыли три враждебно настроенные друг к другу группы красноармейцев, которые претендовали стать охраной царя. 6 апреля в Тобольск прибыл комиссар Яковлев с мандатом, подписанным лично Лениным и Свердловым, который предписывал переправить царскую семью в Екатеринбург.
Царевич Алексей был в это время очень болен, поэтому было решено, что с Яковлевым в Екатеринбург поедут только Николай, Александра Федоровна и дочь Мария. На пароходе Русь они были сначала отправлены в Тюмень, а оттуда железной дорогой в Екатеринбург. Остальные Романовы приехали в Екатеринбург 20 мая, и их поселили в доме Ипатьева. 17 июля 1918 года царская семья была расстреляна.
В настоящее время в доме губернатора действует экспозиция, посвященная тобольской ссылке императора Николая II. Здесь хранятся некоторые его личные вещи, а также воссоздан интерьер рабочего кабинета последнего императора России.
