Дом Музей Петра I в Вологде является старейшим музеем в городе. Он основан городскими властями 30 мая 1872 года, в честь 200-летнего юбилея со дня рождения царя Петра I. Музей Петра I представляет собой небольшой каменный одноэтажный дом, сохранившийся с 17 века на берегу реки Вологды.
До окончания Северной войны в 1721г Вологда оставалась важным торговым городом на судоходной реке Северодвинского торгового пути. В те годы вся торговля с Европой осуществлялась через морской порт Архангельска. Петр I понимал важность строительства северного флота, а также уделял очень большое внимание развитию торговли, поэтому в Вологде он был 5 раз. Приезжая в Вологду, он всегда останавливался в доме голландского купца Гоутмана.
Согласно летописным источникам, семья купца Гоутмана поселилась в Вологде в 1652 году. Они построили для себя одноэтажную каменную палату 11 х 12 метров около грузовой пристани. Толщина стен дома достигает 1 метра, поэтому внутри жилые помещения были достаточно тесными, но Петр I привык к таким домам. Если взглянуть на Дом-Музей Петра I в Санкт-Петербурге или Дом-музей Петра I в Коломенском, то видно, что он комфортно себя чувствовал в домах такого размера.
Первый раз Петр I посетил Вологду в 1692г, когда осматривал Кубенское озеро. Он хотел организовать базу для тренировок северного военного флота, но озеро не подошло для этих целей. В 1693г Петр I остановился в Вологде по пути в Архангельск. В 1694 году Петр I также в рамках подготовки к Северной войне посещал Вологду и наблюдал за работами по производству канатов.
В 1702г Петр I посетил Вологду в разгар Северной войны. Он получил информацию о готовящемся нападении шведов на Архангельск. На берегу главного судоходного рукава реки Северная Двина в Архангельске Петр I решил построить Новодвинскую крепость. Многие материалы для этой крепости везли из Вологды. Нападение шведов состоялось в 1703 году, но огонь крепости не позволил им даже приблизиться к берегу.
Последний раз Петр I посетил Вологду в 1721 г вместе с женой Екатериной по пути на лечение к Олонецким водам. В память обо всех событиях во время посещения города царем здесь создали Музей Петра I в Вологде. Дом выкупили у купца Витушечникова и внутри открыли экспозицию, посвященную Петру I. Во дворе музея установили пушку.
