Дворец Наместника в Тобольском Кремле построен на месте Приказной палаты, которую построил еще Ремезов в Воеводской части Кремля. Именно здесь размещались органы управления огромными сибирскими территориями.
После Пугачевского восстания Екатерина II приняла решение о проведении реформы органов местно самоуправления. В удаленных регионах Сибири было принято решение отказаться от губернского деления, а вместо них создать три наместничества: Тобольское, Иркутское и Колыванское. Однако Тобольское наместничество играло в этой структуре ключевую роль.
В связи с этим, в 1780 год на краю Алафеевской горы начали строить Дворец Наместника. 30 августа 1782 года об учреждении Наместничества было объявлено официально, и дворец к этому времени был в целом готов к размещению новых органов государственного управления.
Для повышения важности Тобольского наместничества в 1782 году Екатерина II прислала в Тобольск императорский трон, как символ власти Тобольска над огромными территориями в Сибири. Таким тронов было в России всего три – в Зимнем дворце Санкт-Петербурга, в Московском Кремле и в Тобольском Кремле.
Однако идея с наместничествами не получила развития и уже следующий после Екатерины I, император Павел I, в 1796 году отменил эту структуру и вернулся к губернскому региональному делению. А дворец наместника в Тобольске к тому времени стоял разрушенный после пожара в 1788 году. Восстановили дворец только в 1831 году в строгом стиле позднего классицизма, без колонн, пилястр и других украшений.
В наши дни во дворце наместника размещаются наиболее интересные экспозиции Тобольского музея-заповедника, включая императорский трон Екатерины II. Первый этаж музея посвящен воеводскому правлению с момента завоевания Сибири Ермаком до второй половину 18 века, в том числе строительству, которое вел в Тобольске Семен Ремезов. На втором этаже музея размещаются экспозиции, посвященные наместническому управлению Сибирью.