Гефсиманский Черниговский скит находится в 4 километрах от Троице-Сергиевой лавры, в восточном пригороде Сергиева Посада. В православии существует традиция создания скитов при монастырях, где могли бы жить и молиться монахи, склонные к уединению. Таким стал и Гефсиманский Черниговский скит, основанный как подворье Троице-Сергиевой Лавры.
Черниговский скит основан в 1844 году игуменом Троице-Сергиевой лавры, преподобным Антонием, в Исаковской роще на берегу Скитского (Корбушинского) пруда. В 1847 году в Черниговский скит из Лавры переселился Блаженный Филиппушка (Филипп Хорев), который начал копать пещеру на противоположном берегу пруда. Эта часть скита называлась Гефсиманской. Сейчас там размещается военная часть недоступная для посещения.
В наши дни скит открыт для посещения и его каменные храмы больше похожи на большой монастырь. Гефсиманским он называется в честь Гефсиманского сада в Иерусалиме, где Иисус молился перед арестом, и где находится Подземная церковь Гроба Богородицы. Черниговским скит назвали в честь чудотворной Черниговский иконы Богоматери, которая привлекла в скит большое количество паломников.
В конце 19 века в Гефсиманском Черниговском ските жило более 400 монахов. В это время Гефсиманский Черниговский скит стал одним из центров старчества, как и монастырь Оптина Пустынь в Калужской области. Старец Варнава Гефсиманский ежедневно принимал десятки людей. В 1905 году после событий Кровавого Воскресенья к нему приходил и Император Николай II. Старец Варнава умер в 1906 году, а в 1995 году он был канонизирован Русской Православной Церковью.
Каменное строительство в Гефсиманском Черниговском скиту началось в конце 19 века. Главный Черниговский храм построен над пещерами, которые выкопали первые отшельники, поселившиеся в скиту в середине 19 века. Пещеры были укреплены каменной кладкой. Там есть кельи, а также пещерная Архангельская церковь. За алтарем этой церкви построена небольшая Иверская часовня. В ней находятся мощи Блаженного Филиппушки, который выкопал первую пещеру, а также Святого Варнавы. Пещеры можно посетить в составе экскурсии.
Все постройки Гефсиманского Черниговского скита сделаны в псевдорусском архитектурном стиле из красного кирпича. Над скитом возвышается огромная пятиярусная колокольня. Ее высота достигает 80 метров.