Краеведческий музей был создан в 1924 году, вначале как филиал Курского музея, но затем, в 1954 году, была сформирована Белгородская область, и музей стал самостоятельным.
Первоначально музей размещался в архиерейском доме Троицкого монастыря, но во время войны это здание и его коллекции были уничтожены во время бомбардировок.
В 1964 году музей был размещен в здании Преображенского собора, но в 1991 году храм был возвращен церкви и стал кафедральным собором города, а музей переехал в специально построенное для него здание на улице Попова.
Перед музеем установлен памятный знак на месте одного из четырех "въезжих" царских столбов, располагавшихся на северной и южной окраинах города. Они были возведены в конце 19 - начале 20 веков, по преданию в честь пребывания в городе в 1787 году императрицы Екатерины II и в 1820 году императора Александра I.
Экспозиции музея посвящены истории Белгородского края с древнейших времен по наши дни. Здесь можно посмотреть предметы, найденные на раскопках городищ скифского и солтово-маяцкого периода. Несколько залов музея посвящены выставке «О прошлом память возвращая…», где рассказывается о событиях Гражданской и Великой отечественной войн.
