Марфо-Мариинский монастырь был основан в 1992 году в селе Зимовенька, около города Щебекино. В 1993 году монастырь получил подворье в Белгороде на Свято-Троицком бульваре, где располагались закрытые в Советское время Покровская церковь (1791 год) и Успенско-Никольский собор (1701 год).
Марфо-Мариинский монастырь в Белгороде был создан по уставу Московской Марфо-Мариинской обители, которая была основана в 1909 году Елизаветой Федоровной, после смерти ее мужа, великого князя Сергея Александровича Романова. Монахини этого монастыря в Москве должны были оказывать духовно-просветительскую и медицинскую помощь нуждающимся. При монастыре были организованы больница, амбулатория, приют, бесплатная столовая.
В Белгороде Марфо-Мариинский монастырь был организован на месте двух храмов, в которых в советское время размещалась пересыльная тюрьма, а во дворе проводились расстрелы. На месте, где проводились расстрелы, была построена часовня Царственных страстотерпцев и Новомученников. В монастыре организовано «сестричество милосердия, которое помогает больным и ухаживает за инвалидами.
За монастырскими стенами в центре Свято-Троицкого бульвара расположен Иоасафовский сквер, где установлен памятник Святителю Иоасафу.
