Церковь Христополитисса и комплекс археологических раскопок вокруг нее является частью старого города Като Пафос, но расположен отдельно от него. В современное время он был отделен от основных построек Като Пафоса оживленной Улицей Апостола Павла.
Като Пафос занимает большую территорию около старого порта. Он был застроен еще в эпоху владычества Птолемеев. Римляне захватили Кипр в 58 году до н.э. Они построили площадь Римского Форума около Като Пафоса. Археологические раскопки вокруг Церкви Христополитисса в 1980-х годах велись в том самом месте, где в римские времена находился Форум.
По легенде, в 45 году н.э. в Пафос прибыл Апостол Павел. Он проповедовал здесь христианство, но был схвачен и подвергнут наказанию в 40 ударов плетей на Форуме в Пафосе. До наших дней сохранилась даже колонна на Римском Форуме, к которой были привязан Апостол Павел во время бичевания. Несмотря на наказание, он продолжал проповеди, и обратил в христианство римского консула Сергия Павла. После этого в Римской империи еще три столетия христиане подвергались гонениям, но на Кипре появилась большая община христиан.
Первые христиане собирались в Катакомбах Пафоса. Однако, как только император Константин в 313 году принял Миланский Эдикт, который позволил проповедовать христианство не опасаясь гонений, в Пафосе на месте Римского Форума в 4 веке была заложена одна из первых христианских базилик.
Она состояла из 7 приделов и имела красивый декор. Рядом в 6 веке был построен Дворец Епископа. Первую базилику и дворец епископа полностью разрушили арабы во время своего набега в 7 веке. Во время раскопок около церкви Христополитисса археологи обнаружили мозаичные полы и колонны той самой базилики и дворца епископа.
В 11 веке на месте Базилики византийцы вновь построили церковь Панагия Христополитисса, но в 1222 году она была разрушена мощным землетрясением. Тогда же был разрушен и замок Саранта Колонес (Замок Сорока Колонн).
До наших дней сохранилась небольшая церковь Христополитисса, построенная в 1500 году. Ее построили венецианцы и вначале она была католической, но в 1571 году турки передали ее христианской общине. Другое название церкви - Церковь Святой Кириакии.
