Церковь Иоанна Богослова находится около Генуэзской крепости Кафа. Эта небольшая церковь построена в стиле римской базилики в 14 веке. Она выглядит очень аскетично, на внешних стенах и внутри церкви почти нет никакого декора, однако, ее расположение рядом с другими древними церквями позволяет почувствовать облик средневековой Кафы (современной Феодосии).
На холме над церковью Иоанна Богослова возвышаются две башни Генуэзской Крепости Кафа. Когда-то эта крепость была крупнейшей в Крыму, а город Кафа одним из крупнейших в Европе. От той крепости сохранилось лишь две башни. У их подножия в 14 веке поселилась армянская коммуна, которую позже обнесли стеной и назвали Айоц Берд (Армянская Крепость). Внутри этой общины армяне построили 5 церквей, четыре из которых сохранились до наших дней.
Самой большой из этих церквей была Церковь Иверской иконы Богоматери. Она имеет крестово-купольное строение. Согласно летописям, она построена в 1385 году. Точной даты, когда по соседству была построена Церковь Иоанна Богослова нет, но считается, что все они построены примерно в одно и то же время.
Церковь Иверской Иконы Богоматери раньше называлась церковью Иоанна Крестителя. Это название используется до сих пор, поэтому иногда возникает путаница с названиями двух соседних церквей. Иоанн Богослов и Иоанн Креститель – это разные люди. Между этими церквями обустроен большой сад. В нем есть источник с питьевой водой, поэтому вокруг него растет много декоративных деревьев и цветов.
Перед Церковью Иоанна Богослова есть небольшой двор, обнесенный высоким каменным забором. Рядом сохранился небольшой каменный мост, также построенный в византийскую эпоху. Стены церкви и забор сложены из серого бутового камня. В наши дни Церковь Иоанна Богослова в Феодосии закрыта для посещения.
