Музей истории Кронштадта располагается в двух зданиях. Музей общей истории Кронштадта находится в одноэтажном здании на Якорной площади, около Обводного канала. В здании бывшей водонапорной башни находится Музей Истории Кронштадта, посвященный затонувшим кораблям и подводной археологии.
Водонапорная башня в стиле классицизма построена в Кронштадте в 1827 году. Вокруг здания Музея Истории Кронштадта можно увидеть инсталляции местных художников на выставке-конкурсе «Экологически чистое искусство и дизайн». Цель этой выставки – мотивация скульпторов и художников к творчеству.
Практически все экспонаты Музея Истории Кронштадта на Ленинградской улице – это предметы, поднятые с затонувших кораблей и вещи погибших при кораблекрушении моряков. В одном из залов есть целый остов корабля, поднятый со дна моря. Поисковые операции в окрестностях Кронштадта позволили поднять многие предметы с броненосца Гангут, линейного корабля Портсмут и фрегата Олег.
Один из залов посвящен блокаде Ленинграда во время Второй Мировой войны. Кронштадт закрывал проход немецкого флота к городу с Балтийского моря. Артиллерия фортов и кораблей Кронштадта не позволяла немецким войскам приблизится и к Ораниенбауму. Отсюда началось освобождение Ленинграда в 1944 году.
