Собор Святого Николая возведен в 1893 году в Старом городе Евпатории около Мечети Джума-Джами. Купола мечети и православного собора возвышаются над морским портом Евпатории и символизируют мультикультурность города, который называют Малый Иерусалим.
Евпаторию назвали Малым Иерусалимом, потому что здесь в непосредственной близости друг от друга находятся храмы многих религий. Здесь есть мусульманская мечеть, христианская церковь, иудейская синагога, караимские кенассы, текие дервишей, армянский храм. Подобное сосредоточие храмов разных религий в непосредственной близости друг от друга есть только в Иерусалиме.
Первая церковь Святого Николая построена в Евпатории в 1805 году, но ее сильно повредили во время штурма и последующей оккупации Евпатории во время Крымской войны 1853-56 годов. Спустя несколько десятилетий церковь обветшала и выглядела очень скромно на фоне мечети и других храмов. В 1893 году по распоряжению императора Александра III началось строительство большого собора.
Мечеть Джума-Джами, которая находится рядом с собором, построена османским архитектором Синаном в 1552 году. Она повторяет архитектурные традиции византийского Собора Святой Софии в Стамбуле. Собор Святого Николая также решили построить в этом же архитектурном стиле. Он имеет большой купол диаметром 18 метров. От него по бокам каскадом спускаются полукупола.
