Два искусственных водоема Вифезда (Овечья купель) существовали в этом месте еще с 6 века до н.э. Сооружения достаточно несложной плотины поперек русла реки Бейт-Зейта было достаточно, чтобы около Первого Храма Соломона появился искусственные резервуар воды размером 40х50 м. Рядом находились Овечьи ворота, через которые жертвенных животных пригоняли в Храм, а перед принесением их в жертву омывали в водоеме Вифезда. Из него же вода поступала в Храм через специальный канал.
Примерно в 3 веке до н.э. рядом с первым водоемом была построена вторая купель, а в 150-70 годах до н.э. около западной стороны купальни Вифезда сформировался лечебный и религиозный центр, где исцеляли людей. Большой водоем служил цистерной, из которого вода поступала в многочисленные купальни, Здесь всегда была большая толпа немощных и больных, которые не допускались в Храм, и именно в этих купелях они пытались получить исцеление.
Как написано в Евангелии от Иоанна, вода в купальне Вифезда считалась чудодейственной когда «ангел Господень по временам сходил в купальню и возмущал воду, и кто первый входил в нее по возмущении воды, тот выздоравливал, какою бы ни был одержим болезнью». Также в Евангелии описана сцена исцеления: «рядом с купальней лежал расслабленный, страдающий своей болезнью 38 лет и почти потерявший надежду на исцеление, так как некому было опустить его в купальню при возмущении воды. Иисус сказал ему: «возьми постель твою и ходи». И он тотчас выздоровел, и взял постель свою и пошёл».
В 1 веке н.э., спустя шесть столетий своего существования, водоем Вифезда уже не использовался, так как был построен более вместительный водоем Биркет Исраэль в непосредственной близости от храма. Новая городская стена, которую построил Ирод Агриппа в 44 году н.э. уже преграждала сток воды вниз от Вифезды, но именно в это время здесь была построена римская цистерна, сохранившаяся до наших дней.
Во времена, когда Иерусалим восстанавливался после разрушения (в эти годы он назывался Элия Капитолина) над водоемом был построен храм Асклепия, а в более поздний византийский период здесь была построена большая христианская базилика, под фундаментом которой была скрыта большая часть купален Вифезды.
Однако все эти храмы были разрушены арабами, но сейчас их руины можно видеть в разных частях Вифезды. В 1130 году около водоемов Вифезды была построена романская церковь. Возводилась она в период правления крестоносцев королевой Мелиссиндой, которая построила на Святой Земле много церквей. Именно эта церковь в очень хорошем состоянии дошла до наших дней. Она построена на месте, где был дом Иоахима и Анны, родителей Девы Марии. В церкви можно посетить подземную крипту, где можно увидеть место рождения Божьей Матери.
После ухода крестоносцев из Иерусалима церковь в период арабского правления пребывала в полном запустении до 1853 года, когда Турция передала ее Франции в знак признательности за помощь в Крымской войне с Россией. Восстановление этой святыни было поручено кардиналу Лаврижи (во дворе церкви ему был установлен памятник). Именно его раскопки позволили не только полностью восстановить церковь, но и обнаружить древние дамбы и водоемы Вифезды.
